Es trifft zwar nur wenige, aber Fälle von Kindern, die schon früh merken, dass bei ihnen etwas anders ist als bei Gleichartigen, gibt es immer wieder. Die Eltern fühlen sich verunsichert und wissen nicht, was sie tun und wie sie helfen können. Bestimmte Vorgehensweisen erleichtern den Umgang mit der Geschlechtsidentitätsstörung zumindest.
Fühlt sich ein angehender Erwachsener sexuell zum eigenen Geschlecht hingezogen, so entstehen Selbstzweifel und Probleme mit der Homosexualität, die das Kind alleine nicht zu bewältigen vermag. Eine Psychotherapie kann das Kind in der kompliziertesten Phase der Entwicklung unterstützen und es vor bleibenden psychischen Schäden bewahren.
Wenn sich das Kind im falschen Körper fühlt, können frühzeitige Maßnahmen bei der Transsexualität ergriffen werden. Eine Hormonbehandlung vor Beginn der Pubertät kann eine spätere Geschlechtsumwandlung erleichtern und das Kind davor bewahren, sich mit Voranschreiten der Pubertät immer unwohler im eigenen Körper zu fühlen. Der Vorteil dabei ist außerdem, dass eine Entwicklung im Sinne des angeborenen Geschlechts nicht unmöglich gemacht wird. Bei Absetzen der Hormone kann die Entwicklung normal erfolgen. Der Nachteil ist, dass nur in den wenigsten Fällen schon so früh sicher gesagt werden kann, dass die Kinder bei ihrer frühen Entscheidung bleiben.
In allen Fällen ist es wichtig, dem Kind selbst zu helfen oder sich Hilfe zu holen. Das Kind sollte in der schwierigen Zeit nicht alleine gelassen, sondern möglichst intensiv unterstützt werden.