Aufgrund ihres Nährstoffgehalts zählen Muscheln zu einem der gesündesten Lebensmittel. Sie verfügen über einen hohen Anteil an Eiweiß, Jod und Mineralien, zudem haben sie nur sehr wenig Fett. Doch leider ist der Verzehr von Muscheln nicht ganz unbedenklich.
Da Muscheln das Meerwasser filtern, sind sie zwangsläufig auch mit vielen Schadstoffen wie etwa Pflanzenschutzmitteln und Blei belastet. Zwar wird das Meerwasser vor der Muschelernte auf Schadstoffe überprüft, aber dennoch kann nicht ausgeschlossen werden, dass über die Muscheln Schadstoffe in den menschlichen Körper gelangen.
Auch ist es möglich, dass es über den Verzehr von Muscheln zu Infektionen mit Hepatitis oder Salmonellen kommt, da besonders die Muscheln in warmen Gewässern mit diesen Krankheitserregern infiziert sein können. Obwohl diese Erreger normalerweise durch das Garen abgetötet werden, sollten Personen mit einem schwächeren Immunsystem dennoch von dem Muschelverzehr absehen, um einer möglichen Ansteckung vorzubeugen.